Le SENLS est assisté par un Comité de pilotage (CP), qui constitue son organe délibérant et a pour missions :
Approuver le Plan stratégique national de lutte contre le VIH/SIDA (PSN) ;
Veiller à la conformité des plans d’action avec les orientations, les objectifs et les actions prioritaires du PSN VIH/SIDA ;
Arrêter le programme annuel de travail du SENLS ;
Adopter le budget annuel du SENLS ;
Approuver les comptes annuels du SENLS ;
Adopter l’organigramme, le règlement intérieur, le statut, la grille des rémunérations et les avantages du personnel du SENLS ainsi que ceux du Président et des membres de l’organe délibérant.